Incorporée au niveau fédéral en 1964 sous le nom de Fédération canadienne de Baseball amateur, Baseball Canada est l'organisme directeur du Baseball au niveau national et est composée de 10 associations provinciales et territoriales qui représentent joueurs, entraîneurs, arbitres et équipes à travers le pays. Baseball Canada est membre de l'Association olympique canadienne et de la Fédération internationale de Baseball. Le ministère du Patrimoine canadien et sa direction générale, Sport Canada, reconnaissent Baseball Canada comme étant l'organisation chargée du baseball au Canada, et ainsi éligible aux subventions fédérales. Revenu Canada lui accorde le statut d'organisme de charité.